Mikrobial tahlilning operatsiya protseduralari asosan quyidagi bosqichlarni o'z ichiga oladi:
Namuna yig'ish: Tahlil maqsadi va talablariga muvofiq vakil namunalarni to'plang.
Namuna oldidan ishlov berish: To‘plangan namunalarni maydalash, homogenlashtirish va boshqa bosqichlarni o‘z ichiga olgan holda oldindan ishlov berish, namunalardagi aralashmalar to‘liq ajralib chiqishi uchun.
Mikrobial emlash va madaniyat: Oldindan ishlov berilgan namunalarni ma'lum bir mikrobial madaniyat muhitiga inokulyatsiya qiling, tegishli harorat va namlik sharoitlarini nazorat qiling va mikroorganizmlarning o'sishi va ko'payishiga imkon bering.
Mahsulot miqdorini aniqlang: Mikroorganizm o'sishi davrida mahsulot miqdorini aniqlang va mahsulot miqdorini o'lchash orqali namunadagi birikma kontsentratsiyasini hisoblang.
